Временные файлы в Git-е удаляются точно так же легко, как и из директории – командой “git-rm”. Поэтому снежный ком просто не будет расти в первую очередь.
Во-вторых, хранение истории изменений невременных;
Сжатая хранилка СЖИМАЕТ, я держу ЖЖ-заметки всех, кого я читаю за последний год примерно в 70МБ – и имею мгновенный доступ к ним за сотые доли секунды, хранилка проиндексирована Git-ом.

В-третьих, не приходится заниматься самодеятельностью и следить за тем, чтобы чего-то не упустить. Git држит SHA1 (вроде МД5) и сравнивает файлы по их крипто-хэшу.

В-четвертых, при пересылках между машинами вы пересылаете ТОЛЬКО ОТЛИЧИЯ, а не всю кучу каждый раз.

В-пятых, дабы не отдавать цепочку команд, хотя и значительно урезанную из-за того, что множество дел version-control system делает за вас, стандартные команды помещаются в скрипт.
Я программирую на shell с использованием make
Gnu make – инструмент для ОБЩЕГО программирования, который позволяет не заботиться о целом, думая лишь “локально”, она “следит за проектом” сама. Мейк также отдает команды, проверяя их exit status и т.д. Это поразительная программа о существовании которой в этом качестве мало кто подозревает. Невозможно учить админов работать с shell и не применять make как часть программирования в командной строке.
Я написал программу, ведущую веб-блог как мейкфайл, сам мейк при этом используется как generic CGI application под веб-сервером, маленькая и шустрая, необыкновенно сильная и достаточно быстрая (этот CGI скрипт может обеспечивать до 18 запросов в секунду при выдаче одного файла или до 1.5 запросов в сек если надо пробежать 30,000 файлов в хранилке — на 500МГц нашине.

Т.е. в нашем первом примере весь “менеджмент” сводится к тому, что у меня в директории лежит мейк-файл, содержащий в себе скрипт.
Если я говорю “make”, он печатает help message и объясняет мне какие цели (т.е. скрипты, задачи, которые он умеет решать) есть в этом мейк-файле.
Далее, я говорю “make prepare-daily”, и он обновит хранилку, или “make what-changed” и он мне доложит какие файлы изменились и т.д.

с другой машины я скажу “make fetch-and-report” и майк на этой стороне сделает всю работу и т.д.

Т.е. я получил программу, о которой можно ничего не помнить – “make help” доложит мне как она работает, и т.д.
Точно так же из крона достаточно отдать одну команду: “cd somedir; make daily”

Так что изменить нужно просто инерцию своего мышления. (Это всегда самое трудное)

Смысл version control как раз в отслеживании изменений и записи новых версий.
Нецентрализованность Git’а в том, что любую из директорий под его контролем можно взять по сети себе, в локальный склад, и перенести файлы как новую ветвь если надо, или в продолжение существующей.

Вот и все. Всегда – и на сервере, и на административной машине – вы имеете доступ ко всем прошлым версиям конфигураций, всегда можете восстановить все за минуты, всегда можете увидеть точно какие файлы поменялись и как именно.

Разумеется, можно впихиваь на сервере обновления cron’ом, и так же кроном брать их на административную машину.